在不久的将来,由于原因不明的海平面上升,大部分地面被海水淹没。少年斑鸠夏生在幼年的事故中失去了一条腿,对城市生活感到厌倦,搬到了海边的乡村小镇。他无依无靠,唯一的遗产是身为海洋地质学家的祖母留下的一艘船和一艘潜水艇,以及一身债务。为了找回“失去的未来”,夏生潜入了祖母遗产所在的海底仓库。在那里,他发现了一个棺材般的装置,里面沉睡着一个神秘的少女——亚托莉。她是一个极其精巧且情感丰富的机器人。被从海底打捞上来的亚托莉说:“我想完成主人留下的最后命令。在此之前,我会成为夏生先生的双腿!” 在逐渐沉入海中的宁静小镇里,少年与机器人少女之间,无法忘怀的夏天由此展开。